As consequências da ação de Mathias, tanto para ele quanto para Nascimento, são o fio condutor do filme: Mathias é usado como bode expiatório e é afastado do BOPE, não da PMERJ – ele passa a integrar o batalhão do amigo Fábio, agora tenente-coronel. Já Nascimento, visto como herói pela população, é nomeado para o cargo de Subsecretário de Inteligência da Secretaria Estadual de Segurança Pública do Rio de Janeiro. Fraga, que havia tornado-se marido de Rosane, ex-esposa de Nascimento, elege-se deputado estadual. Rafael, filho de Rosane e Nascimento, distancia-se cada vez mais do pai por influência de Fraga.
Uma vez na Secretaria, Nascimento é capaz de articular uma completa reestruturação do BOPE, aumentando seu efetivo e modernizando seus equipamentos. Essa reestruturação o auxilia no combate ao tráfico de entorpecentes, e, com o passar do tempo, a Secretaria é capaz de encerrar as atividades de traficantes na maior parte das favelas da Zona Oeste do Rio de Janeiro. Desbaratar o crime organizado, ao contrário do que Nascimento planejara, não contribuiu para a diminuição da corrupção, mas fez surgir uma nova organização criminosa, as “milícias”. No filme, é retratada a ascensão de um policial militar corrupto, Rocha, major do batalhão de Fábio. Rocha percebe que, ao eliminar a figura do traficante, ele não estaria deixando de obter a propina que vinha recebendo, mas sim poderia passar a controlar diretamente a comunidade, eliminando assim o intermediário e tendo lucros maiores. Assim, ele e seu grupo passam a comandar uma comunidade, não sem coagir o já corrupto Fábio a cooptar com eles.